一、行政不作为的起诉期限计算
不可否认的是，尽管本法通过本条规定，解决了部分行政不作为的起诉问题，但并未明确规定起诉期限的具体计算方法，对《若干解释》的相关条款也未进一步作出更为详尽的规定。因此，在适用本条规定时，行政审判实践仍然可能存在相应疑问，对此可通过法律解释予以明确。在有效的法律解释出台之前，则可根据行政作为与不作为之间的联系与区别，结合其他相关条款综合理解。本法第四十六条是关于起诉期限的一般规定，虽然使用的表述为“作出行政行为之日”，但并未明确限制被诉行政行为的类型是否为作为，因而行政不作为的起诉期限问题也可以适用该条规定。尽管如此，若要适用本法第四十六条的规定，必须解决行政不作为与“作出行政行为”的衔接或对应问题。根据本条规定，行政主体在两个月或法定期限内不履行法定职责之时，应视为“行政不作为”作出或成立之日。
但是，在“行政行为作出”方面，行政不作为与行政作为存在差别，二者在计算起诉期限方面则不尽相同，行政不作为的起诉期限应区分两种情况：一是法定职责的履行已无实际意义或已无可能。在此情形下，行政不作为的状态实际已经结束，起诉的目的主要为追究行政不作为主体的法定责任。根据本法第四十六条的规定，在法定职责履行期限届满之日，起诉人已经知道“行政不作为”作出，此时为起诉期限的计算起点，期限长度为六个月。二是法定职责的履行仍有其必要性和可行性。在此情形下，行政不作为仍处于持续状态，起诉的目的除追求责任之外，更多的是要求行政主体继续履行法定职责。此时，关于起诉期限的计算起点有两种意见：一是认为仍为法定职责履行期限届满之日，一是认为没有严格意义上的计算起点，起诉之日可视为计算起点。对起诉期限的长度也存在不同观点：一是认为应适用第四十六条第一款的规定即六个月；二是认为应适用第二款的规定即五年或二十年。
对于起诉期限的计算起点，由于起诉的主要目的是要求继续履行法定职责，在法定职责履行期限届满之日，行政不作为已经成立，因而应以此为起诉期限的计算起点，否则如果没有计算起点，那么行政不作为将无起诉期限，适用第四十七条的规定则无实际意义。对于起诉期限的长度，由于法定职责仍有履行的可期待性，不能推定申请人已经知道“行政不作为”，否则将可能导致对行政不作为的放纵，因而适用第四十七条第二款的规定为宜。上述观点有其合理性，但基于严格的字义解释，本条仅明确了可以起诉的起点，而未规定有无起诉期限以及期限的长短，上述内容的理解与适用宜由
司法解释进一步明确规定。
二、申请履行保护法定职责的理解
（一）申请的要求
1.主动提出申请。行政行为可分为依申请的行政行为和依职权的行政行为，后者包括行政规划、行政命令、行政处罚、行政强制等。行政主体不依职权作出行政行为时，也属于行政不作为的一种。但是，对行政相对人而言，依职权的行政行为通常不会直接对其合法权益造成影响，即不存在直接的法定职责。因此，本条规定的行政不作为主要针对依申请的行政行为，主动提出申请是起诉人追究行政不作为的法定要件。
2.申请的形式。提出申请的目的是使行政主体知晓存在需要保护的合法权益并履行相应的保护法定职责，因而对申请的形式无需作出限制，无论是书面形式，还是口头形式，只要能达到申请的目的即可。通常而言，申请必须向行政主体明确提出，但在特定情形下则无需明确直接提出申请而行政主体即已知晓其请求。这些特定情形的范围不能任意扩大，通常都有相应的明确法律规定，否则可能存在行政作为不当泛滥性地转化成行政不作为之可能性。
3.申请的内容。申请人提出的申请必须内容明确，才能让行政主体确切地履行法定职责，但不要求必须严格符合相应规范，仅需从中提炼出申请事项内容即可。
（二）保护合法权益的含义
1.保护的理解。这里的保护作广义理解，包括行政主体通过制止、处罚等方式排除外来侵害，也包括行政主体依法为申请人提供所需权益，避免申请人的合法权益受到损害等情形。这里的外来侵害主体包括行政主体，保护的形式为行政主体停止侵害申请人的合法权益。此时，存在诉讼竞合的情形，行政主体的侵害行为属于行政作为，受侵害人可以提起作为之诉，请求撤销行政行为；也可以申请行政主体主动停止侵害，不停止时则提起不作为之诉。
2.合法权益的范围。它不限于人身权、财产权，而是包括在法律保护范围之内的所有权利，如申请履行政府信息公开法定职责中的知情权等。
三、履行法定职责的期限
（一）一般情形
主要指对履行法定职责期限没有特别规定时所确定的期限，《若干解释》确定的期限为六十日，本条规定将其调整为两个月。由于每月的天数并不完全一致，以“月”为单位更科学，也更容易计算。
（二）法律、法规另有规定的情形
本法在《若干解释》的基础上进行了内容调整，将原先的“法律、法规、规章和其他规范性文件”调整为“法律、法规”两种，主要理由有：第一，降低风险。对申请人而言，履行法定职责的期限越短越好，如果可以另行规定法定履行职责期限的规范性文件过宽，那么就可能存在大量增加长于两个月法定履行期限规定的风险。第二，表述更合理。在《行政诉讼法》修改时，对此条规定存在另一种意见，建议在保留原有规定的基础上，增加补充规定，即另行规定的期限短于两个月的除外。但是，这样的表述存在以下问题：一是法律、法规可以规定长于两个月的期限，如此表述则限制了法律、法规的另行规定权力，而分开表述又过于繁琐。二是规章和其他规范性文件都是针对各自领域作出规定，如果对法定职责履行期限作出更为严格的规定，即使在司法审查中没有发挥实际作用，但是在行业内部监督中同样能得到有效执行，因而无需在《行政诉讼法》中予以规定。三是由于规章和其他规范性文件的范围十分宽泛，将给起诉人和司法机关在适用法律时增加极大难度。
（三）紧急情形
在紧急情形下，法定的履行职责期限处于不确定状态，期限的计算起点为提出申请时，计算终点为不履行保护职责必将或已经给合法权益造成损害之时。关于“紧急情形”的确定，以明确的法律规定为原则，以符合常理及公平合理法律精神为补充。
实务指导
一、不履行法定职责的认定
行政主体不履行法定职责的表现形式有多种，由于没有明确的法律规定或解释，使得在理论与实践中的理解存在不一致观点。根据行政诉讼实践，公众所理解的行政不作为表现形式有对申请拒不答复、不予答复、拖延答复、拒不作出处理、不按照请求作出处理、不按照法定要求作出处理等。上述行政行为并非都属于行政不作为，根据本法有关行政不作为起诉规定的立法精神，判断是否为行政不作为的标准，并非为有无书面形式的行政决定，而是对申请是否进行了实际处分，即有无“保护合法权益”的行为，以此为标准所得出的结论具有合理性。具体而言，依照上述判断标准，属于行政不作为的行为有拒不答复、不予答复、拖延答复、拒不作出处理，其余两种则不属于行政不作为。对于行政不作为的四种情形，即使行政主体作出书面决定表明其拒不答复或不予答复的态度，也不影响其行政不作为的本质。对于行政不作为前三种情形的理解分歧较小，主要的争论在于对“拒不作出处理”的认识。有的认为不属于行政不作为，“拒不作出处理”实际为行政主体对申请作出处分的一种行为。
这种观点在《行政诉讼法》修改前是合理正确的，但在诉讼类型化逐渐呈现其优势的大背景下，为更好地解决行政争议，只要行政行为的本质属于零处分，都应当可以提起行政不作为之诉，避免出现“撤销拒不作出处理的作为决定之后，仍需等待行政主体决定是否履行法定职责，而不能直接判定法定职责”的局面。对此，本法第七十一条的规定可作为有效印证。其余两种情形则应纳入行政作为之类，否则行政不当作为都将转化成行政不作为。
需要说明的是，关于拖延履行的理解，不能简单地归入行政不作为或行政作为，当拖延履行属于履行期限届满之后才开始履行的情形时，应归于不履行的行政不作为情形；当拖延履行有部分履行在期限内，则应归入行政作为情形。
二、将行政作为转为行政不作为的起诉期限计算
在理论上，行政相对人或利害关系人都可以将行政作为转化为行政不作为，主要的方式为向行政主体提出申请，要求其履行纠正或改变行政作为的法定职责，此时对行政主体而言存在两个行政行为：一是已作出的行政作为，二是要履行的法定职责行为。如果对行政主体的行为不服，则可提起作为和不作为之诉。对于作为之诉的法律适用问题，并无太大争议，难点在于对不作为之诉的理解。从法律关系而言，尽管存在行政作为，但当事人提出履行职责的申请之后，则出现新的行政法律关系。对新行政法律关系提起诉讼的，应按照本条规定进行起诉期限的计算。对此，有意见认为其存在不妥之处，即以此可能使已超过法定起诉期限的行政作为可通过行政不作为方式而得到救济，从而达到规避法定起诉期限规定之不当目的。
但是，此种顾虑完全可以消除：如果当事人对行政作为提起诉讼，那么属于超过法定的起诉期限；如果对行政不作为提起诉讼，适用的是有关行政不作为的起诉期限规定，结果可能是未超过起诉期限而进入审查程序，但进入诉讼程序与最终获得支持属于两个不同概念。不作为之诉审查的是行政主体对履行法定职责的态度和处理，行政主体依法应对所提申请履行相应的答复或处理的法定职责，否则将承担行政不作为案件败诉的风险，但败诉的结论并不代表行政主体存在纠正或改变行政作为的法定职责。如果行政作为已经超过起诉期限，那么必然超过了行政复议期限，行政主体在履行法定职责时，可以参照《行政复议法》的规定以否定其内部审查的法定职责，并以此作为答复。如此，行政主体履行了相应的法定职责，进入不作为之诉程序后也不承担败诉风险，也避免法定起诉期限被规避的结果出现。
