本条规定的诉讼费用指的是当事人进行行政诉讼时，应当向人民法院交纳的一定数量的费用。本条规定了“收取诉讼费用的具体办法另行规定”。我国的诉讼费用制度在2006年之前一直由最高人民法院制定规定或者作出解释，2006年国务院制定《诉讼费用交纳办法》（以下简称《办法》），取代了原有规定。简单来说，诉讼费用制度的沿革经过四个阶段：新中国成立至1984年的不收费阶段，1984年到1989年试行收费阶段，1989年到1999年统一收费阶段，1999年至今的调整阶段。目前本法所称的“另行规定”主要指的是2006年颁布的《办法》。《办法》对于民事诉讼和行政诉讼中关于诉讼费用的类型、诉讼费的计算方式、诉讼费的缴纳和责任分配作了具体规定。
关于诉讼费用的缴纳，《办法》第二条作出了概括性规定。首先确认交纳诉讼费用是当事人的基本义务，且应该严格按照本办法的规定交纳。关于可以不交纳或者免于交纳诉讼费的情形也由本办法进行规定。可以不交纳诉讼费大概有如下几类：某些活动并未明显耗费司法资源，如裁定驳回起诉、驳回上诉、不予受理，对不予受理、驳回起诉、管辖权异议的裁定不服提起上诉等情形；有些出于特殊社会价值的考虑，比如对于行政赔偿案件中不收取诉讼费用，这是基于对于弱者权利救济的考量。这些在《办法》第八条中进行了列举式的规定。
行政诉讼中诉讼费用包括：案件受理费；申请费；证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发送的交通费、住宿费、生活费和误工补贴。根据《办法》第三条的规定，诉讼费的收取不得超出该范围。
对于案件的受理费一般分为针对财产申请的受理费和针对非财产申请的受理费。根据《办法》第十三条的规定，财产类案件一般按照标的额分段计费，非财产类案件分为
离婚类、侵犯人格权类、知识产权类、劳动争议类、行政案件类、管辖异议类一般按照件数收费，涉及相关财产部分按照标的额分段计费。关于行政案件收费标准规定为：商标、专利、海事类行政案件收费100元，其他行政案件收费50元。需要说明的是关于非诉执行是否收费现有
法律法规并无相应规定，实践中通行的做法是不收费。
申请费则一般针对申请适用特殊程序而应缴纳的费用。比如申请执行生效的判决、裁定和调解书，申请保全措施。对于证人等发生的费用来说，虽然《行政诉讼法》和《
民事诉讼法》均规定了有出庭作证等义务，但其因参加诉讼活动发生的费用和损失应当得到相应的补偿。交通费、住宿费、生活费一般来说不超过当地国家工作人员的相应的补贴标准，误工补贴照当地同行业人员平均工资进行计算。关于案件受理费在一、二审中都应当收取。
一审启动时对于受理费的收取主要考虑到当事人启动诉讼一定程度上占用了部分司法资源，诉讼费用的提供类似于一种相应补偿，并且这一程序可以促进当事人慎重启动诉讼环节。
二审中收取案件受理费主要基于两点考虑：一是促使当事人认真对待一审程序，慎重行使诉权，善尽诉讼义务，不做虚假陈述，不提无理要求。二是促使当事人慎重启动二审程序。
根据《办法》第九条规定，再审案件一般无需缴纳案件受理费，这主要考虑到再审启动的目的是对已经发生法律效力的生效裁判文书的纠正，是一种补救程序。但仍规定了若干例外，包括当事人有足以推翻原审判决、裁定的新证据提起的再审；当事人对第一审判决裁定未提起上诉，在第一审判决、裁定或者调解书发生法律效力后又申请再审的案件。前者主要是因为当事人在一、二审诉讼中未能及时提出证据，没有充分尽到在法定期限内提交证据的义务，后者主要考虑当事人未能在法定期间内提起上诉，怠于履行其权利。因此，作出了收取受理费的例外规定。
关于申请费收取的在《办法》第十条作了规定。对于申请费的收取主要考虑到这类特殊程序的提起一般不涉及当事人之间权利义务的纠纷，当事人只是就某一特定事实向法院提出请求，要求法院确认事实是否存在，或者实现具有给付内容的法律文书。就行政诉讼而言，主要涉及执行的申请费和保全措施的申请费。就执行申请费而言，《办法》主要做了三方面的规定：第一，实行“先执行，后收费”制度，而不是采取预交费制度。避免胜诉方因为预交费而承担过多的诉讼风险。第二，执行的申请费由执行法院直接向被执行人收取，并由被执行人负担。体现了对不履行生效文书的当事人的制裁。第三，取消了之前关于诉讼费用交纳的规定中“实际支出费用”的规定，大大减轻了申请执行的当事人的负担。关于保全中的申请费主要考虑到启动新的司法程序当事人应当支付费用，更重要的是通过支付一定对价，防止当事人滥用保全的权利。
《办法》第十一条对证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的一系列费用进行了规定。这类费用按照“谁受益、谁补偿”的原则进行支付，并由人民法院代为收取。主要考虑到上述人员由法院通知出庭，除了在庭上与庭审各方并无其他交集，由法院代为收取费用不仅更为方便，也可以更好保证上述人员出庭从事活动的客观公正性。
《办法》第十二条中规定了诉讼参与人的辅助诉讼发生的费用的负担及收取问题。这类费用的发生可能有两种情形，第一种是当事人给予本条规定的活动支持自己的主张，或为了保障自己的权利申请有关机构作出本条所规定的活动，第二种情形是法院为了实现调查取证的职能，保障法院诉讼活动顺利进行，要求有关机构从事上述活动。
本条中关于诉讼费用的分担也作出了规定。诉讼费用的负担，是指在民事诉讼、行政诉讼过程中发生的案件受理费、申请费以及证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴最终由哪方当事人来负担或者由双方当事人按照何种比例负担的问题。败诉方负担诉讼费用是诉讼费用的承担的基本规则。其合理性在于：
（1）有利于公务负担均衡的实现。诉讼费用制度体现了谁享受服务、谁付费的精神。行政诉讼发生在一部分行政机关和相对人之间，如果都由国库开支，必然增加国家财政的负担，因此，由当事人负担自己的费用是合乎情理的，是公务负担均衡的要求。
（2）可防止和减少滥诉。诉讼费用由败诉人和在诉讼中有不正当行为的人负担，将对那些诉讼目的不纯，无理取闹的人有很大制约。与民事诉讼一样，行政诉讼仍然有可能出现滥诉的问题，而被告一方可以不承担诉讼费用。滥诉在任何时候都是一种不安全因素会带来无效耗费。因此，需要为诉讼行为设定一定的经济后果。
（3）有利于促进行政机关依法行政和积极应诉。诉讼费用由败诉方承担，意味着行政机关不依法行政或者发生纠纷后不积极处理，将承担败诉的后果和承担行政诉讼的费用。因此，诉讼费用制度将从另一个角度促使行政机关依法行政。征收诉讼费强化了违法行为和滥诉行为的法律后果，有利于增强当事人的法制观念，促进行政机关依法行使职权。
（4）诉讼费用是一种制裁违法的手段。行政诉讼费用是法律为某些行政违法行为设定的法律后果。行政诉讼费用，原则上由败诉方承担。这就使诉讼费用制度同时带有一定的制裁性质，如果原告败诉，则是对其滥诉行为的制裁；如果被告败诉，则是对其违法行为的制裁。
（5）有利于维护国家主权。随着我国入世和对外开放进程的加快，有关国际贸易以及涉外方面的行政纠纷案件将会越来越多。因此，按照对等原则，对行政案件收取诉讼费用，将有利于维护国家的主权。
（6）可以体现行政诉讼当事人的诉讼地位平等。行政诉讼的被告一方是行政机关，诉讼地位与原告平等。所以，被告一方也应依法承担诉讼费用。
（7）征收诉讼费用有利于保障当事人或其他参与人依法行使诉讼权利，履行诉讼义务；征收诉讼费用有利于加强审判人员的责任心，减少无效耗费或不正当耗费；
（8）法院审理行政案件征收诉讼费，是世界各国的通例。
《办法》第二十九条第二款对当事人部分胜诉、部分败诉情况下，当事人如何负担诉讼费用作出了规定，各种诉讼案件的形成原因错综复杂，有些案件的当事人双方对诉讼的形成都有过错和责任。在这类案件中，不存在绝对的胜诉方和败诉方，人民法院经常会在支持当事人的部分诉讼请求的同时，驳回当事人的另一部分诉讼请求。对这类案件，人民法院需要根据案件的具体情况，当事人的不同过错程度以及责任大小，决定当事人各自应当负担的诉讼费用数额。这一规则实质上也是诉讼费用由败诉方负担规则的延伸。
实务指导
行政诉讼费用明显低于民事诉讼的费用标准。根据2007年4月1日起施行的国务院《办法》第十三条第（五）项的规定，行政案件诉讼费按照下列标准交纳：
（1）商标、专利、海事行政案件每件交纳100元；
（2）其他行政案件每件交纳50元。与此前的最高人民法院《人民法院诉讼收费办法》规定比较，也大大减轻了当事人对于有争议金额行政案件的诉讼费用负担。
